Der mittlere und südliche Landesteil bis in den Bereich des Nord-Ostsee-Kanals gehört zu der Flussgebietseinheit Elbe, der nordwestliche Landesteil der Flüsse, die in die Nordsee entwässern, wird der Flussgebietseinheit Eider und der östliche Landesteil, in dem die Flüsse in die Ostsee münden, der Flussgebietseinheit Schlei-Trave zugeordnet.
